護王神社の境内北側には、末社が並ぶ一画があります。

祖霊社

末社が並ぶ一番右に「祖霊社（それいしゃ）」が鎮座しています。この社は「近衛社（きんえいしゃ）」とも称され、1971年（昭和46年）に建立されました。祖霊社（近衛社）には、護王神社の歴代宮司や神職、役員総代をはじめ、神社の発展や隆昌に尽力した関係者の故人の霊が祀られています。御祭神をお祀りする本殿とは異なり、護王神社に関わり、支えてきた人々を慰霊するための社として位置づけられています。
神社における祖霊社は、祖先や縁ある人々を神としてではなく、敬うべき霊としてお祀りする点に特徴があります。護王神社の祖霊社も同様に、日々の感謝を伝え、追慕の心を捧げる場として設けられています。
毎年9月22日には、祖霊舎の例祭が行われています。

久邇宮御霊殿

護王神社の境内には、皇族である久邇宮家の御霊をお祀りする社として「久邇宮御霊殿（くにのみやごれいでん）」が鎮座しています。久邇宮御霊殿は、本殿や拝殿とは別に設けられた社殿で、御祭神とは異なる皇族ゆかりの御霊をお祀りする場として位置づけられています。久邇宮御霊殿は、境内北側に並ぶ末社の中央に位置し、1964年（昭和39年）に旧久邇宮邸から現在地へ移築されました。護王神社の境内において、皇室との関係を今に伝える社殿の一つとして大切に守られています。
護王神社は、御祭神・和気清麻呂公命が皇統を守った人物として知られることから、古くから朝廷・皇室と縁の深い神社です。久邇宮御霊殿は、そうした護王神社の性格を象徴する存在であり、和気清麻呂公命の歴史的役割と皇室との結びつきを具体的に示す社殿といえます。境内を巡る際には、本殿や中門とあわせて参拝することで、護王神社の信仰の広がりと歴史的背景をより深く理解することができます。
久邇宮家は、伏見宮邦家親王の第4王子・朝彦親王によって創設された宮家です。朝彦親王（1824～1891）は、天保9年（1838年）に出家して興福寺塔頭・一乗院の門主となり、嘉永5年（1852年）には青蓮院門跡第47世門主に就任したことから、「青蓮院宮」や「粟田宮」とも称されました。安政6年（1859年）の安政の大獄で蟄居を命じられましたが、文久2年（1862年）に赦免され、国事御用掛として朝政に参画します。文久3年（1863年）には還俗して「中川宮」を名乗り、のち「賀陽宮」と改められました。明治維新後は一時失脚するものの、明治8年（1875年）に新たに久邇宮家を創設します。さらに伊勢神宮の祭主を務め、明治15年（1882年）には神宮皇學館（後の皇學館大学）を創立するなど、宗教・学術の分野でも大きな足跡を残しました。

警察消防招魂社

護王神社の境内には、「警察消防招魂社（けいさつしょうぼうしょうこんしゃ）」と呼ばれる社が鎮座しています。参拝者は本殿参拝とは別にこの社に手を合わせ、警察官や消防関係者として職務に殉じた人々の御霊に対して、静かに祈りを捧げることができます。関係者に限らず、一般の参拝者も自由に参拝できる社として親しまれています。この警察消防招魂社は、1946年（昭和21年・皇紀2606年）に、京都府庁舎構内から現在の護王神社境内へ移築されました。移築後は、護王神社の境内社の一つとして大切に守られています。
護王神社は、御祭神・和気清麻呂公命が国家を守るために尽力した人物として信仰されてきた神社です。その精神は「国を護る」「人々を守る」という形で現代にも受け継がれており、警察消防招魂社は、そうした護王神社の信仰と、社会の安全を支える人々への敬意が結びついた存在といえます。

伊勢神宮遥拝所

護王神社の境内には、「伊勢神宮遥拝所（いせじんぐうようはいしょ）」が設けられています。この遥拝所は、伊勢神宮の方向に向かって参拝できる場所として整えられており、境内奥、北側に並ぶ境内社の一画、祖霊社の東側に位置しています。参拝者は、境内にいながら伊勢神宮を遥かに拝することができます。
伊勢神宮遥拝所の前には、神明型の鳥居が立てられており、遥拝のための空間として明確に区切られている点が特徴です。鳥居の奥には「遙拝石」が設けられ、参拝者はこの石の前に立ち、伊勢神宮の方角に向かって手を合わせます。
遙拝石は石造で、日の出を象徴する円窓の意匠が施されており、白御影石と黒御影石が用いられています。こうした造形は、伊勢神宮への遥拝という行為を視覚的にも分かりやすく示す役割を果たしています。