境内摂社

弥彦神社には、御祭神・伊夜日子大神の御子神や御子孫神である六王子を祀る摂社があります。六王子の摂社には、それぞれ社殿と御神廟（墳墓）が伝えられているのが大きな特徴です。

武呉神社

武呉神社（たけくれじんじゃ）は、第一嗣・天五田根命（あめのいつたねのみこと）を祀る境内摂社です。天五田根命は、伊夜日子大神が紀伊国熊野に住まわれていた頃に誕生した神様で、父神とともに越の国の平定と開拓に尽力したと伝えられています。
御神廟は弥彦山山頂付近の武呉山（三笠山）に鎮座しており、社殿とあわせて信仰されています。

草薙神社

草薙神社は、第三嗣・天戸国命（あめのとくにのみこと）を祀る境内摂社です。天戸国命は、弥彦山神劒峰（みつるぎのみね）の麓にある美登之（御殿）山で太刀を抜き、草を払って宮所を定めたことから、草薙の神として崇敬されています。
御神廟は弥彦公園裏手の丘に鎮座しています。現在の社殿は1916（大正5）年に建立され、1998（平成10）年には国の登録有形文化財に指定されました。

今山神社

今山神社は、第四嗣・建筒草命（たけつつくさのみこと）を祀る境内摂社です。建筒草命は閑寂を好む神様とされ、思索を深め、「見ること、聞くこと、言い行うこと、皆天にあらずということなし」という境地に至ったと伝えられています。
御神廟は新潟市西蒲区樋曽（ひそ）の山中に鎮座しています。

勝神社

勝神社は、第五嗣・建田背命（たけたせのみこと）を祀る境内摂社です。建田背命は孝心に厚い神様とされ、瓜を望んだ母命のために季節外れに種を植え、苦労して実を献じたという伝承が残されています。その孝心を天皇も称えたことから、農業の神として崇敬されています。
御神廟は弥彦公園内、御殿山の中腹に鎮座しています。

乙子神社

乙子神社は、第六嗣・建諸隅命（たけもろずみのみこと）を祀る境内摂社です。建諸隅命は父命が重い病にかかった際、自らの命と引き換えに平癒を祈ったほど孝心に厚い神様と伝えられています。その願いに心を動かされた大物主大神の助けにより、父命も建諸隅命も難を逃れたとされています。
御神廟は境内の御神木近くに鎮座しており、境内摂社の中では社殿と御神廟をあわせて参拝しやすい一社です。
茅葺屋根の入母屋造のお社は、蛙股や虹梁などに施された彫刻に、桃山末期の様式を見ることができます。1917（大正6）年、国の重要文化財に指定されました。

境外摂社 船山神社

第二嗣・天忍人命（あめのおしひとのみこと）を祀る船山神社は、新潟市西蒲区福井に鎮座する境外摂社です。
航海安全や漁業の守護神として信仰され、社殿と御神廟が伝えられています。