境内の左手奥にも3末社が鎮座しています。社殿は3つですが、相殿として1つの社殿に2社が鎮座しています。

大鳥神社

大鳥神社の御社は鹿島神社と相殿になっています。
御祭神は、家内安全・商売繁盛の御利益をいただける天日鷲命（あめのひわしのみこと）です。江戸時代より「お酉様」の名で親しまれています。例祭日は11月の酉の日。同日に酉の市が開かれ、境内は縁起物の熊手を求める人々で賑わいます。

鹿島神社

御祭神は、武勇の神様・旅行の神様である武甕槌命（たけみかづちのみこと）です。毎年9月1日に例祭が行われています。

恵比須社

七福神の一柱、事代主命（ことしろぬしのみこと）をお祀りしています。御社は大国社と相殿になっています。
御利益は航海安全・商売繁盛。毎年10月20日に例祭が行われています。「深川七福神巡り」の恵比寿様となっており、正月の御開帳期間には多くの参拝客が訪れます。

大黒社

国造りの神様、大国主命（おおくにぬしのみこと）をお祀りしています。毎年5月14日に例祭が行われています。

金刀比羅社

大物主命（おおものぬしのみこと）をお祀りしています。御社は金刀比羅社と相殿になっています。江戸時代中期、航海・漁業の守護神として香川県の金刀比羅宮から勧請されました。例祭日は10月10日です。

富士浅間社

御祭神は木花咲耶姫命（このはなさくやひめのみこと）です。

富士塚

1722（享保7）～1723（享保8）年、富岡八幡宮の裏に富士塚が築かれました。溶岩で覆われた塚の正面に白い小石（八海湖）、右手に小御岳や烏帽子岩などを配したもので、大きさは高さ2丈（約6m）、周囲50間（約90m）。「江戸の山開きといえば八幡様」といわれ、山開きの日には多くの参拝者で賑わったと伝えられています。
塚は1819（文政2）年に再建されたことがわかっていますが、1965（昭和40）年頃解体されました。
現在御社の前には、2002（平成14）年に再建された富士塚があります。山開きの日であり例祭日である7月1日には、疫病除けの「大蛇守り」「麦藁大蛇守」が授与されます。