境内右手、七渡神社の隣りには、末社である車折社・客神社・野見宿禰神社・住吉社・聖徳太子社・天満天神社・祖霊社・花本社の相殿があります。

合末社の鳥居

相殿の前に建つ2本の柱は、1937（昭和12）年に建立された合末社の鳥居です。
鳥居は第二次世界大戦時の1945（昭和20）年、東京大空襲で焼夷弾の直撃を受け、柱を残し崩れ落ちてしまいました。以来、修復されずそのままとなっています。2020（令和2）年、深川生まれの浜田嘉一（よしかず）氏により、二度と戦争をしてはいけない思いから「戦災の記憶に残る遺跡」と記された説明版が奉納されました。

合末社の祭神を向かって右手から紹介していきます。

車析社

御祭神は平安時代後期の儒学者、清原頼業命（きよはらのよりなりのみこと）です。後嵯峨天皇が乗られた牛車の轅（ながえ）が折れたという故事に由来し、車折大明神と呼ばれています。毎年5月14日に例祭が行われています。

客神社

芸能の神・宇受売命（あめのうずめのみこと）を御祭神とする客神社は、車析神社に合祀されています。例祭は毎年5月15日です。

野見宿禰神社

御祭神は野見宿禰命（のみのすくねのみこと）です。1829（文政2）年の「御府内備考」続編には、1785（天明5）年に勧請されたと記されています。野見宿禰は第11代 垂仁（すいにん）天皇の時代、当麻蹶速（たいまのけはや）と力比べをし見事勝利。このことから相撲の始祖といわれています。江戸時代、相撲興行を終えた幕内力士達は御礼参りに訪れ、御社前で四股を踏むのが恒例となっていました。毎年4月24日、例祭が行われています。

住吉社

航海安全・和歌・農耕の神様である、住吉神（すみのえのかみ）をお祀りしています。毎年6月30日に例祭が行われています。

聖徳太子社

日本国の基盤となる憲法十七条や冠位十二階の制定、遣隋使派遣などを行った聖徳太子をお祀りしています。毎年4月22日に例祭が行われています。

天満天神社

学問の神様、菅原道真公をお祀りしています。道真公の後裔といわれる長盛法印（ちょうせいほういん）は、御神託を受け富岡八幡宮を創建しました。例祭は毎年8月25日です。

祖霊社

富岡八幡宮の歴代祖霊をお祀りしています。春分の日と秋分の日に例祭が行われています。

花本社

俳人・松尾芭蕉をお祀りする花本社は、祖霊社に合祀されています。松尾芭蕉は全国各地を旅しながら俳句を詠みましたが、生涯で最も長く住んだのは、仮住居を設けた深川でした。毎年10月12日、例祭が行われています。