極彩色が美しい本殿

拝殿の後方に建つ本殿には、三峯神社の主祭神である伊弉諾尊（いざなぎのみこと）と伊弉册尊（いざなみのみこと）がお祀りされています。
現在の本殿は寛文元年（1661）、江戸時代初期に中興第6代竜誉法印が願主となって再建されました。
この造営については「寛文元年霜月廿日」の銘がある棟札が現在まで残されており、本殿の建立年代と竜誉法印による造営を伝える貴重な資料となっています。。
本殿は石積みの基壇上に建つ、一間社春日造のお社です。屋根は銅板葺で、正面と両側面には縁を巡らせ、勾欄（こうらん）が設けられています。
全体的に木割が太く、小さな本殿ながら堂々とした格調高い姿が特徴です。
お社全体には漆が塗られ、斗組（ますぐみ）や虹梁、柱頭などには鮮やかな極彩色が施されています。黒や朱を基調とした建物に色鮮やかな装飾が重なり、拝殿とともに三峯神社らしい華やかな社殿景観をつくり出しています。
本殿は昭和36年（1961）3月1日に埼玉県指定有形文化財に指定されました。その後、令和5年（2023）には拝殿・随身門・国常立神社・日本武神社・手水舎・秩父宮台臨記念館の6棟が追加指定され、現在は「三峯神社 本殿ほか6棟」として一体的に保存されています。
現在の本殿が建立される以前にも、三峯神社には本殿がありました。
その旧本殿は失われておらず、現在も境内に鎮座する東照宮の上舎として使用されています。
しかも、この旧本殿は三峯神社に現存する唯一の室町時代の建造物です。現在の本殿と同じ春日造で、三峯神社の社殿が江戸時代以前にどのような姿をしていたのかを現在に伝える貴重な建物となっています。
さらに昭和34年（1959）に現在の本殿を解体修理した際には、明暦元年（1655）の墨書銘がある枘（ほぞ）が発見されています。
寛文元年（1661）の棟札だけでなく、それより6年前の年号を持つ部材も本殿に残されていたことになります。
昭和34年の解体修理を経て、昭和36年に県指定有形文化財となり、その後も大切に守られてきました。平成16年（2004）には漆の塗り替えも行われ、現在も鮮やかな姿を見ることができます。

御祭神とご利益

本殿にお祀りされている主祭神は、伊弉諾尊と伊弉册尊です。
二柱は日本神話の国生み・神生みに登場する夫婦神です。伊弉諾尊と伊弉册尊は力を合わせて日本の国土となる島々を生み、さらに多くの神々を生み出したと伝えられています。三峯神社の創建伝承も、この二柱と深く関係しています。
三峯神社では、日本武尊が東国平定の途中に三峯山へ登り、美しい山川を目にして国生みを行った伊弉諾尊・伊弉册尊を偲び、仮宮を建ててお祀りしたことを創建の始まりと伝えています。