御祭神をお祀りする御本社

唐門の先に建つのは御本社です。本殿と拝殿、それを繋ぐ石の間で構成された権現造と呼ばれる構造で、例大祭などの重要な祭典は御本社にて行われます。1636年（寛永13年）に造営された歴史ある建物で、1908年（明治41年）に国の重要文化財、1951年（昭和26年）には国宝に指定されました。
本殿はご祭神をお祀りする、もっとも重要な場所です。桁行五間、梁間五間、入母屋造、背面向拝一間の構造で、屋根は銅瓦葺です。1439体の彫刻が施されており、中でも屋根の下にある「獏」の彫刻は、悪夢を食する平和の象徴とされています。
拝殿は神様に拝礼するための建物です。桁行九間、梁間四間、一重、入母屋造で、正面には千鳥破風、向拝三間の軒先には唐破風が設けられ、屋根は銅瓦葺となっています。中央の間、東の将軍着座の間、西の法親王着座の間に分かれており、江戸時代には身分に応じてそれぞれの間を使用していました。
将軍着座の間の杉戸には、政治に誤りがあれば忠告する霊獣「麒麟」が、額羽目には動乱の世を天下泰平に導く「鳳凰」が描かれています。
法親王着座の間の杉戸には、人の言葉を話す聖獣である白沢（はくたく）が描かれています。
また天井にもご注目ください。狩野探幽と弟子たちによる「百間百種の龍の天井図」を確認できます。後水尾天皇の宸筆や、土佐光起による「三十六歌仙扁額」なども見どころのひとつでしょう。これらの装飾とともに、拝殿全体には940体の彫刻が施されており、その豪華さは圧巻です。拝殿向拝柱には二つ蝶の置紋があり、蝶が止まったところに幸せが訪れるという言い伝えがあります。
石の間は本殿と拝殿をつなぐ御殿です。桁行三間、梁間一間、両下造の建築様式で、屋根は銅瓦葺となっています。水戸・紀伊・尾張の徳川御三家が参拝に訪れた際、石の間へと進んでいました。
御本社の内部は、祈祷殿の横にある「御本社入口」から見学できます。履物を脱いで先にお進みください。唐門から延びている透塀に施された彫刻も間近で見ることができます。また御本社内は撮影禁止ですのでご注意ください。