天井画「鳴龍」が有名

本地堂は、薬師堂とも呼ばれる日光東照宮境内で最も大きな建物です。東照宮の境内にありながら輪王寺に属しており、神仏習合時代の名残を今に伝えています。1636年（寛永13年）の「寛永の大造替」で造られた桁行七間、梁間五間、向拝三間、入母屋造、銅瓦葺きの建物で、総漆塗りの極彩色装飾が施された豪華な造りです。1908年（明治41年）には、国の重要文化財に指定されました。
本地堂に入るためには、日光東照宮の拝観券が必要です。内部には本尊として薬師如来が安置されています。東照大権現として祀られている徳川家康の本地仏がこの薬師如来とされることから「本地堂」と名付けられました。権現とは仏が神の姿で現れたものを指し、当時家康は薬師如来の化身と考えられていました。
内部の祭壇は奥の壁に沿って配置され、中央に薬師如来、その両脇には日光菩薩と月光菩薩が立っています。日光菩薩は太陽を表す赤い円盤を持った杖を、月光菩薩は月を表す白い円盤を持った杖を携えており、薬師如来を守護する十二天将のうち6体が主祭壇の左右に配されています。十二天将はもともとヒンドゥー教の神々で、仏教に取り入れられた守護戦士です。各将軍は十二支のうちの一つを冠につけており、その背後には輪廻転生を表す後光があります。
天井には、縦6メートル、横15メートルの大きな龍が描かれています。34枚のヒノキ板に描かれた天井画で、「鳴龍」と呼ばれています。龍の頭の真下で手を叩くと、「キィーン」と甲高い音が数秒間堂内に響くことからこの名前が付けられました。頭の部分にある窪みに音が反響し、このような現象が起こると考えられており、日光東照宮の七不思議のひとつにも数えられています。
現在の龍は画家の堅山南風（1887～1980）による復元画です。原画は狩野派の狩野安信（1614～1685）が描いたものでしたが、1961年の火災で失われました。
現在の建物は1963年から1968年にかけて再建されたもので、その後、2013年にも改修が行われました。

鈴鳴龍守

本地堂で最も知られているお守りといえば「鈴鳴龍守」でしょう。他の鈴と違い、下に穴が開いていないのが特徴で、「運が逃げないよう」にという願いが込められています。このお守りは軽やかな鈴の音を響かせ、中でも紫色のものが最もご利益があると言われています。