日本初の独立した手水舎

陽明門に向かう石段の手前には、御水舎（おみずや）があります。参拝者が神前に進む前に心身を清めるための場所で、神社境内に独立した手水舎を初めて設置した例として知られています。1636年（寛永13年）に造られたもので、桁行一間、梁間一間、唐破風造、屋根は銅瓦で葺かれています。1908年（明治41年）には国の重要文化財に指定されました。
中央に設置された花崗岩製の水盤は、1618年（元和4年）に佐賀藩主鍋島勝茂によって寄進されたものです。サイフォンの原理（管の中の空気を抜くことで水を自然に吸い上げる原理）を応用して水を噴き上げる先進的な設計が採用されています。
水の使用による劣化を防ぐため、支柱も花崗岩で造られており、その上部には装飾金具が取り付けられています。通常は木の柱に施されるこの金具が石に付けられていることから、「石に金物日光ばかり」という珍しいもののたとえを表すことわざが生まれました。
また、唐破風の屋根の下には美しい彫刻類が施されており、正面上部の台輪には立浪文様の彫刻が、虹梁部分にはヒノキの一枚板に水の神である2匹の飛龍が精巧に彫刻された透かし彫りが配置されています。この翼を持つ龍は水の守護神とされ、波模様や鯉の彫刻とともに豪華で力強い装飾は桃山時代の代表例とも言われています。また、水紋の青色は岩を砕いてつくられた顔料によるもので、その深い青色が龍と波の躍動感をより一層際立たせています。
さらに、屋根の西側の一部が意図的に切り落とされており、これは魔除けの意味があるほか、周辺の杉の成長を妨げないためという説もあります。