江戸時代末期の建築様式を留める神殿

拝殿の奥に、向かって左が一の神殿、右が二の神殿、真ん中が三の神殿（別名、諸神殿もしくは別殿）と3つの神殿が建っています。3神殿が建立されたのは、一の神殿が天保11（1840）年、二の神殿が天保13（1842）年、三の神殿が天保14（1843）年です。熊本藩の寄進によって再建されたものだと伝わっています。
神殿は、高さや桁行ともに12mを超えるほどの規模で、一の神殿と二の神殿は五間社入母屋造、三の神殿は三間社流造の特徴があります。江戸時代末期の建築様式を残していて、3神殿ともに国指定の重要文化財です。
震災で拝殿が崩壊したため、拝殿が復興されるまで神殿が外から見られる状態でした。
左から一の神殿、真ん中が三の神殿、右が二の神殿ですｙ。

御祭神・ご利益

阿蘇神社には主神の健磐龍命の血縁関係がある神様が十二柱祀られており、阿蘇十二明神とも呼ばれます。

一の神殿は男神を祀っています。
一宮：健磐龍命（たけいわたつのみこと）主神。神武天皇の孫。阿蘇都彦(あそつひこ)・阿蘇大明神(あそだいみょうじん)とも呼ばれます。
三宮：國龍神（くにたつのかみ）二宮の父、神武天皇の子。彦八井耳命(ひこやいみみのみこと)・吉見神(よしみのかみ)とも呼ばれます。
五宮：彦御子神（ひこみこのかみ）一宮の孫。
七宮：新彦神（にいひこのかみ）三宮の子。
九宮：若彦神（わかひこのかみ）七宮の子。

二の神殿は女神を祀っています。
二宮：阿蘇都比咩命（あそつひめのみこと）一宮の妃。三宮の娘。
四宮：比咩御子神（ひめみこのかみ）三宮の妃。
六宮：若比咩神（わかひめのかみ）五宮の妃。
八宮：新比咩神（にいひめのかみ）七宮の娘。
十宮：彌比咩神（やひめのかみ）七宮の妃。

三の神殿は男神を祀っています。
十一宮：速瓶玉神（はやみかたまのかみ）一宮の子。
十二宮：金凝神（かなこりのかみ）一宮の叔父。綏靖天皇を指す。

阿蘇神社は昔から「厄払い」のご利益が有名です。