宇治上神社では、季節限定の御朱印や特別な和紙を使用した御朱印など、変わり種の御朱印が数多く用意されています（初穂料は御朱印によって異なります）。常時10種類ほどの御朱印が用意されているので、どの御朱印をいただくか迷ってしまいそうです。金色の筆を使用して書かれた御朱印もあり、世界遺産に認定された神社ならではの特別感を楽しめます。
特別朱印は全て数量限定のため、遅い時間に行くと授与が終了している可能性もあります。また御朱印によっては直接御朱印帳に書いて頂けるものと、書置きを頂くものと二種類ありますので、頂く前に必ず確認するようにしてください。御朱印を目当てに訪れる方は、なるべく早い時間に行くのがおすすめです。