吉田山に鎮座

左京区吉田神楽岡町に位置し、標高102メートルを測る吉田山は、比叡山地から花折断層によって分離された南北約400メートルの孤立丘です。丘陵一帯は吉田神社の境内とされ、神座の岡に由来して「神楽岡」の名で古くから親しまれてきました。また、この地は中世においてたびたび戦場となった歴史も持ち、単なる自然地形にとどまらない背景を備えています。ちなみに、県道101号側の吉田山山頂付近（北参道）から参拝することも可能です。このルートでは多少の上り坂はあるものの、全体としては下りながらの参拝となります。進む順序も一般的な東大路側からとは異なり、まず竹中稲荷神社の奥宮に至り、その後に本宮へ向かう流れとなります。
吉田神社はこの吉田山の山中に鎮座しており、通常の参拝は山を登る形で進んでいきます。本殿までは急峻な登りではないものの、参道は緩やかな上り坂となっており、平地の神社とは異なる体験となります。さらに、末社である重要文化財の斎場所大元宮や竹中稲荷神社へ向かう場合には、舗装はされているものの山中の道をさらに登っていく必要があり、吉田山全体が神域として構成されていることが実感できます。
参道の構造も特徴的で、東大路通に面して建つ第一鳥居は、吉田山へ入る入口にあたります。この地点はまだ平坦ですが、鳥居をくぐると参道はそのまま山の中へと続いていきます。
やがて第二鳥居を過ぎるあたりから道は上り坂へと変わります。本宮までは比較的緩やかな参道であり、扁額に「吉田社 本宮」とかかれた第三の鳥居をくぐると、その先に拝殿と本宮が配置されています。