数立社

数立社（かずたてしゃ）は、南宮大社境内入口付近、駐車場のすぐ隣に鎮座する境内社です。御祭神は、道開きの神様として知られる猿田彦神（さるたひこのかみ）です。天孫降臨の際に瓊瓊杵尊（ににぎのみこと）を道案内した神として知られ、交通安全や方位除け、人生の道を切り開く神様として信仰を集めています。
また、数立社は古く「惣社（そうしゃ）」と呼ばれていたとする説があり、美濃国総社に関係するとも伝えられています。現在も境内入口付近の重要な位置に鎮座しており、参拝者を迎える社のひとつとなっています。
御社殿は回廊外に鎮座し、小規模ながら、旅の安全や人生の節目、新たな挑戦の成功を願う人々の信仰を集めています。

落合社

落合社（おちあいしゃ）は、南宮大社の御社殿に向かって右手、回廊外の川の近くに鎮座する境内社です。御祭神は、天照大神（あまてらすおおみかみ）の弟神として知られる素戔嗚尊（すさのおのみこと）です。
川が落ち合う場所に鎮座していることから「落合社」と呼ばれるようになったと伝えられています。素戔嗚尊は、出雲で八岐大蛇を退治した神話で知られ、全国では疫病除けの神様として広く信仰されています。南宮大社でも無病息災や疫病退散の神として崇敬を集めています。
毎年3月8日には落合社例祭が斎行され、無病息災や疫病退散が祈願されています。
また、落合社は本殿周辺の摂社群とは異なり、回廊外に独立して鎮座している点も特徴です。川の近くという立地も含め、南宮大社境内の中でも独特の雰囲気を持つ境内社となっています。