本殿周辺には5つの摂社が鎮座しています。回廊内にあるため近づくことはできませんが、回廊越しに見ることができます。現在の社殿はいずれも1642年（寛永19年）に建立されたもので、1966年（昭和41年）には国の重要文化財に指定されました。

樹下社

樹下社（このもとしゃ）は、南宮大社本殿に向かって右側に鎮座する摂社です。御祭神は、大国主命としても知られる国造りの神様・大己貴命（おおなむちのみこと）です。
御社殿は桁行3間、梁間2間、一重、入母屋造、向拝1間、檜皮葺で建てられています。摂社でありながら規模の大きな建築で、高山社とほぼ同形式の重厚な造りとなっています。

隼人社

隼人社（はやとしゃ）は、樹下社の右隣、本殿に向かって右側に鎮座する摂社です。御祭神は火須勢理命（ほすせりのみこと）で、本殿に相殿神としてお祀りされている彦火火出見尊（ひこほほでみのみこと）の兄神として知られています。
御社殿は一間社流造・檜皮葺で、桁行1間、梁間1間、一重の建築です。本殿周辺の摂社群の中では比較的小規模な社殿となっています。

高山社

高山社（たかやましゃ）は、南宮大社本殿に向かって左側に鎮座する摂社です。御祭神は木花開耶姫命（このはなさくやひめのみこと）と瓊瓊杵尊（ににぎのみこと）の夫婦神で、安全・子育ての神様として崇敬を集めています。また、南宮山山頂には高山社奥宮も鎮座しています。
御社殿は桁行3間、梁間2間、一重、入母屋造、向拝1間、檜皮葺で建てられています。朱塗りの社殿は、樹下社とほぼ同形式の重厚な造りとなっています。

南大神社

南大神社（なんだいじんしゃ）は、高山社の左隣、本殿に向かって左側に鎮座する摂社です。御祭神は火明命（ほあかりのみこと）で、瓊瓊杵尊（ににぎのみこと）の兄神として知られています。太陽光や熱を司る神、また農業の神様として信仰を集めています。
御社殿は一間社流造・檜皮葺で建てられており、隼人社と同じ流造形式の建築となっています。

七王子社

七王子社（しちおうじしゃ）は、南宮大社本殿の背後に鎮座する摂社です。大山祇神（おおやまつみのかみ）・中山祇神（なかやまつみのかみ）・麓山祇神（はやまつみのかみ）・志芸山祇神（しぎやまつみのかみ）・正勝山祇神（まさかやまつみのかみ）・高龗神（たかおかみのかみ）・闇龗神（くらおかみのかみ）の七柱をお祀りしており、いずれも山に関わる神様として知られています。
御社殿は流見世棚造・銅板葺で、1642年（寛永19年）に建立されました。1966年（昭和41年）には国の重要文化財に指定されています。建築様式は七間社流見世棚造・銅板葺で、本殿周辺の摂社群の中でも特徴的な形式の社殿です。