鳥居

境内の入口となる鳥居は、表参道と西参道に建つ2基です。表参道の鳥居は、不忍池東岸から上野精養軒に向かう忍坂に面しており、西の鳥居は、動物園通りに面しています。
表参道の鳥居は1926（大正15）年に造られました。天神社の結界として、またシンボルとして役割を果たしていましたが、2011（平成23）年の東日本大震災で柱に亀裂が入ってしまいます。柱を見た石工から、「自重で立っているだけで実際は折れている。再度揺れたら倒れてしまう」という説明を受け、柱のみ取り換える工事が行われました。鳥居を見ると、笠木と柱の色が違うことに気がつきます。
西の鳥居は動物園通り沿いにあります。10段ほど石段を上った先にあるのが西の鳥居が建っています。
石段の前には「五條橋」という、小さな橋が架かっています。

境内

表参道の鳥居をくぐると石段を下りる下り宮（参道入口の鳥居から、石段を下った先に御社殿がある形式）です。
ただし、西参道からだと石段を登った先に御社殿が鎮座していますので、下り宮でありません。五條天神社は上野山の斜面に建てられたものなので、上りも下りも存在しているので、下り宮とは言えないでしょう。
境内には梅の木が植えられており、毎年2月になると紅白の花が咲き誇ります。
五條天神社の境内入口は表参道と西参道ですが、花園稲荷神社と隣接しているため、花園稲荷神社側からも境内に入ることができます。

狛犬

狛犬は、表参道と御社殿前に鎮座しています。表参道の石段脇に鎮座する狛犬は、1926（大正15）年に奉納されました。阿形は子取りの狛犬で、吽形は鞠を前足で押さえている玉取りの狛犬です。
御社殿前の狛犬はブロンズ製で、顔が小さく細身。姿勢がよく、参拝者から格好がよい狛犬といわれています。